Acompanhando a trajetória do Mercado Público de Porto Alegre, é recorrente observarmos pequenas reformas no prédio, sempre com a função de mantê-lo funcionando. No entanto, ao final da década de 1980, percebeu-se que o estado físico em que o prédio se encontrava era de total precariedade. Já não adiantavam pequenos retoques, fazia-se necessária uma reforma que abarcasse todo o Mercado Público. Entre os problemas, podemos citar infiltrações nas paredes, entupimentos na rede de esgoto, risco de explosão devido ao acúmulo de gás nas tubulações, problemas de defasagem de energia elétrica, problemas na coleta de lixo (que era realizada em horários diversos), a falta de uma central telefônica e, por fim, a própria estrutura do prédio.
A idéia de restauração consolidou-se em 1989, quando foi realizado um seminário para discutir e examinar a situação do Mercado Público. Esta ação pretendia definir quem e como restaurar o prédio. Na década de 1990 foi elaborado e realizado o Projeto de Restauração do Prédio do Mercado, que visava resgatar a imagem deste importante patrimônio cultural com o objetivo de otimizar as suas funções de comércio, cultura, lazer, sociabilidade e religiosidade na capital gaúcha.
Para realização de tamanho projeto, formou-se uma equipe multidisciplinar, com o intuito de promover um estudo sobre o Mercado Público antes de começar a reforma. Acreditava-se que as modificações a serem feitas no prédio deveriam estar de acordo com as características e funções sociais, arquitetônicas e econômicas que o Mercado adquiriu ao longo do tempo. Importante ressaltar a preocupação que a equipe de restauro teve com a parte “humana” do Mercado, em estudar as pessoas que vivem ou viveram parte de sua vida naquele espaço. Foram realizadas importantes pesquisas durante o projeto, como forma de subsidiar a definição de ações que definiriam um novo perfil ao prédio.
As obras de recuperação do Mercado iniciaram em setembro de 1991, com a fixação de paredes e a reforma do telhado de uma área no andar superior, entre a Praça XV e a Borges de Medeiros. Já no início de 1992, a equipe do restauro deu início às obras que visavam à recuperação do prédio e redimensionamento do seu uso, buscando um melhor aproveitamento do espaço.
O segundo pavimento também recebeu modificações. Está dedicado a restaurantes, lojas de artigos especializados e serviços diversos; conta com três praças internas para alimentação e eventos. A ligação entre os dois pavimentos hoje se faz através de escadas rolantes, dois elevadores e quatro escadas fixas. A integração entre os dois pisos foi um dos objetivos a ser alcançado com a restauração do prédio.
O Mercado Público Central renovado na sua imagem original, com o complemento e conforto proporcionado pela nova cobertura de estrutura metálica cobrindo o pátio central, dignificou um dos mais belos cartões postais da capital gaúcha. De 1990 a 1997, o Mercado passou pela mais importante intervenção em sua estrutura desde sua edificação. O Mercado Público ficou com uma imagem renovada perceptível ao público freqüentador.